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全面取消農(nóng)業(yè)稅有效減輕了農(nóng)民負(fù)擔(dān)，但還必須跟上相應(yīng)的配套措施，才不致于將這種負(fù)擔(dān)轉(zhuǎn)移從而可能造成新的負(fù)擔(dān)。

一、鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府職能轉(zhuǎn)變滯后

取消農(nóng)業(yè)稅后，長期圍繞稅費(fèi)轉(zhuǎn)的鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府，工作量大大減少，鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府的催糧派款喪失了執(zhí)行空間，人浮于事的問題顯得十分突出。此外，鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府的財(cái)政收入不再依靠農(nóng)村而主要來自上級政府的轉(zhuǎn)移支付。而轉(zhuǎn)移支付資金多被縣政府分解到各個縣級職能部門，鄉(xiāng)鎮(zhèn)財(cái)政完全成了“吃飯財(cái)政”。因此，鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府的職能應(yīng)該重新定位，將原來的部分管理職能剝離出去，由管理型向服務(wù)型轉(zhuǎn)變。但是在具體實(shí)踐中，基層政府職能轉(zhuǎn)變嚴(yán)重滯后，大部分鄉(xiāng)鎮(zhèn)對政府職能轉(zhuǎn)變基本上都停留在口頭上，沒有采取實(shí)際行動。

而鄉(xiāng)鎮(zhèn)職能轉(zhuǎn)變滯后的原因是“社會穩(wěn)定”的剛性約束。各級政府不愿意看到由于職能轉(zhuǎn)變的沖擊再增加一支鄉(xiāng)鎮(zhèn)干部的上訪隊(duì)伍。其次，雖然原則上說機(jī)構(gòu)設(shè)置不要求上下對口，但是專項(xiàng)資金、項(xiàng)目等都由上級部門控制，如果鄉(xiāng)鎮(zhèn)沒有這個部門，就要受到種種牽制。這種牽制經(jīng)常直接表現(xiàn)為得不到上級的專項(xiàng)資金等非常實(shí)在的損失。再次，鄉(xiāng)鎮(zhèn)本身的擴(kuò)張沖動強(qiáng)烈，編制約束力極其有限。

二、農(nóng)村公共產(chǎn)品更顯不足

取消農(nóng)業(yè)稅以后，鄉(xiāng)鎮(zhèn)政府財(cái)政收入失去了主要來源，對農(nóng)村公共產(chǎn)品的供給更是有心無力。村委會要供給公共產(chǎn)品，必須籌集資金，但村委會不是一級政府，它不能有獨(dú)立的公共財(cái)政權(quán)。因此農(nóng)村基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)短缺成為當(dāng)前農(nóng)村的一大難題。農(nóng)村基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)短缺。以水利道路基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)為例，農(nóng)業(yè)稅、“兩工”取消后，村內(nèi)小型水利建設(shè)可以通過“一事一議”的方式解決，但跨鄉(xiāng)、跨村的道路水利設(shè)施建設(shè)工程難以開展。尤其在防洪任務(wù)重的洞庭湖區(qū)，按照防洪標(biāo)準(zhǔn)每年一線防洪大堤都要加高培厚，以前采取的辦法基本上都是運(yùn)用“兩工”中的積累工，搞部分以資代勞，籌集資金用于堤防建設(shè)，每年用于堤防建設(shè)的以資代勞資金數(shù)目都相當(dāng)大。

技術(shù)服務(wù)、農(nóng)業(yè)信息等公共服務(wù)供給不足。在對農(nóng)民的問卷調(diào)查中詢問農(nóng)民“最希望從政府那里得到什么服務(wù)”，結(jié)果顯示：排在第一位的為農(nóng)業(yè)技術(shù)指導(dǎo)。近幾年來，農(nóng)民的科學(xué)種田水平并沒有提高多少，鄉(xiāng)鎮(zhèn)農(nóng)技站、畜牧站、水產(chǎn)站等涉農(nóng)部門也只是一門心思忙于自己的經(jīng)濟(jì)利益，很少關(guān)注對農(nóng)業(yè)的技術(shù)指導(dǎo)。而農(nóng)民迫切需要種植、養(yǎng)殖方面的技術(shù)，現(xiàn)實(shí)中普遍缺乏農(nóng)業(yè)技術(shù)服務(wù)。

三、鄉(xiāng)村兩級財(cái)政運(yùn)轉(zhuǎn)困難

鄉(xiāng)村兩級財(cái)政收支矛盾突出。稅費(fèi)改革以前，鄉(xiāng)鎮(zhèn)財(cái)政收入主要來源于各項(xiàng)稅費(fèi)收入。農(nóng)業(yè)稅取消以后，農(nóng)業(yè)附加稅自行消失，村級運(yùn)轉(zhuǎn)資金來源大量減少。今年免征農(nóng)業(yè)稅，農(nóng)業(yè)稅附加收入消失，國家財(cái)政轉(zhuǎn)移支付將成為村級正常運(yùn)轉(zhuǎn)的惟一來源，村級收支缺口會更大，村級組織將難以發(fā)揮自我管理、自我教育、自我服務(wù)的作用。

農(nóng)業(yè)稅尾欠及其余稅收的收繳困難。這次在宣布取消農(nóng)業(yè)稅的同時(shí)，宣布暫停稅改前尾欠的清收，并對欠稅實(shí)行掛賬停息處理。這使農(nóng)業(yè)稅尾欠問題成為目前農(nóng)村社會的一大難題。